Tras coronarse campeón nacional 1981, Melgar debía jugar la Copa Libertadores 1982. Los rivales fueron Deportivo Municipal, como subcampeón de Perú; y los paraguayos Olimpia y Sol de América.
Fueron 4 partidos (2 victorias y 2 derrotas) frente a los guaraníes.
En Arequipa se perdió 0-3 con Olimpia (24/3/82) y se venció 3-2 a Sol de América (31/3/82) con tantos de Ernesto Neyra, Víctor Gutiérrez y Carlos Mendoza.
En Asunción (Paraguay), se ganó 2-0 a Sol de América (21/4/82) con doblete de Ernesto Neyra y se cayó 0-4 ante Olimpia (25/4/82).
En el 2023 por la Fase de Grupos de la Libertadores, Melgar se vuelve a enfrentar a Olimpia, tampoco le pudo ganar. En Arequipa se empató 1-1 (6/4/23) con tanto de Bernardo Cuesta, y en Paraguay se perdió 1-4 (27/6/23) el descuento lo anotó Tomás Martínez.
Hubo otro encuentro copero con un rival paraguayo. Fue por la Copa Libertadores Sub-16 de 2016. Fue el 3 de febrero, se enfrentó a Libertad y se perdió 1-3. El tanto rojinegro fue de Alexis Arias.
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